Untuk bisa mencapai Stasiun Pasar Senen dengan KRL berikut beberapa alternatif sesuai dengan asal keberangkatan:
- Untuk keberangkatan dari arah Bogor/Depok/Nambo bisa naik KRL yang ke arah Manggarai dan transit di sini. Dari Manggarai naik KRL ke Bekasi tapi turun di Jatinegara untuk transit. Di Jatinegara naik KRL tujuan Bogor/Depok yang berhenti di Stasiun Pasar Senen.
- Alternatif lainnya untuk penumpang dari Bogor/Depok/Nambo adalah naik KRL Bogor/Depok ke arah Jatinegara yang melewati Tanah Abang, Duri dan Kampung Bandan. Karena KRL pada arah ini tidak berhenti di Stasiun Pasar Senen maka penumpang bisa turun di Stasiun Gang Sentiong lalu pindah ke peron seberang (arah pasar senen). Lalu naik KRL dari Jatinegara yang berhenti di Pasar Senen. Cara ini sepertinya memerlukan waktu yang lebih lama karena harus memutar.
- Dari arah Bekasi/Klender dan stasiun yang searah bisa transit di Stasiun Jatinegara. Kemudian berganti KRL ke arah Bogor/Depok yang lewat Pasar Senen.